Bring einen großen Topf mit leicht gesalzenem Wasser zum Kochen. Gib die Makkaroni hinein und koche sie nach Packungsanweisung al dente, normalerweise etwa 8–10 Minuten. Rühre gelegentlich um, damit sie nicht zusammenkleben.

Erhitze in einem großen Topf 2 Esslöffel Olivenöl bei mittlerer Hitze. Füge die fein gehackten Zwiebeln hinzu und brate sie für 3-4 Minuten, bis sie weich und durchsichtig sind. Gebe dann den gehackten Knoblauch dazu und koche ihn für eine zusätzliche Minute.

Füge den gewürfelten Hokkaido-Kürbis in den Topf hinzu. Gieße die Gemüsebrühe hinein und bringe die Mischung zum Köcheln. Decke den Topf ab und lasse die Mischung etwa 10 Minuten lang köcheln.

Püriere die Kürbis-Mischung mit einem Pürierstab oder in einem Standmixer, bis sie ganz glatt ist. Füge dann die Milch, frisch geriebene Muskatnuss, Salz und Pfeffer hinzu und rühre gut um.

Stelle den Topf wieder auf niedrige Hitze und füge den geriebenen Cheddar-Käse und den Parmesan hinzu. Rühre die Käsewürfel ein, bis sie komplett geschmolzen sind.

Rühre die Makkaroni vorsichtig in die Käsesauce, bis jede Nudel gut mit der cremigen Kürbis-Mischung überzogen ist.

Heize deinen Ofen auf 180°C vor. Transferiere die Mischung in eine Auflaufform und streue nach Belieben etwas zusätzlichen Käse darüber. Backe die Kürbis-Makkaroni mit Käse für 15 Minuten.

Lasse das Gericht kurz abkühlen und serviere es heiß. Genieße die herbstlichen Aromen.